[820]NGS解析ソフトウェア(Strand NGS)

ID
820
設備・機器分類
バイオ関連 | DNA/RNA解析その他
利用区分
学内:〇, 学外:〇
メーカー
Agilent
型式
Strand NGS
仕様・特徴
【対応データ】シークエンサーから出力されたデータ(FASTA, FASTQ, SAM/BAMなど)
【処理】アラインメント、数値解析(RNA-Seq(mRNA定量)、DNA-Seq(変異解析9、ChIP-Seq(転写因子結合領域解析)、Methyl-Seq(メチル化解析)、Small RNA-Seq(転写産物定量))
【所要時間】
  解析用PCのスペックは高くしてありますが、
  NGSからのデータ容量が大きくなると解析処理に時間が掛かります。
  PCの能力とデータ内容に依存します。
【運用方法】
  データ容量と解析に必要な時間を、ある程度把握できるまで、
  1回の利用時間を24時間とします。
  RNA-Seqの解析時間で最大でも24時間以内との推定によります。
  使用記録簿には、使い始め時間、解析終了の時間を記載いただきます。
  データを取り出すために使用した時間も、別途、記載してください。
【予約】
  例えば、7/2, 12:00に利用を始める場合、
  機器予約は、「7/2, 12:00から7/3, 12:00まで」とします。
  速く終了した場合は、予約を出来るだけ早く修正してください。
  予定時間に終了できない場合、
  次の利用者の予約がなければ、適宜、延長可能してください。
  次の予約に重なる場合は、予約者へ連絡して調整してください。
用途・使用目的
RNA-Seq、DNA-Seq解析。シークエンサーデータ( FASTQ, BAMなど)から、アラインメントや各種数値解析(fc、p値、TPM、DEG、GO)を行う。
キャンパス
星陵キャンパス
部局
加齢医学研究所
管理部署
加齢研_共通機器
設備担当者
利用相談はこちらより必要事項をご記入の上、お問い合わせください。
予約サイトのURL
https://share.cfc.tohoku.ac.jp/share/equipment/detail/1/681
備考
チャットボット ハギボー