- ID
- 820
- 設備・機器分類
- バイオ関連 ｜ DNA/RNA解析その他
- 利用区分
- 学内：〇, 学外：〇
- メーカー
- Agilent
- 型式
- Strand NGS
- 仕様・特徴
- 【対応データ】シークエンサーから出力されたデータ（FASTA, FASTQ, SAM/BAMなど）
【処理】アラインメント、数値解析（RNA-Seq（mRNA定量）、DNA-Seq（変異解析９、ChIP-Seq（転写因子結合領域解析）、Methyl-Seq（メチル化解析）、Small RNA-Seq（転写産物定量））
【所要時間】
解析用PCのスペックは高くしてありますが、
NGSからのデータ容量が大きくなると解析処理に時間が掛かります。
PCの能力とデータ内容に依存します。
【運用方法】
データ容量と解析に必要な時間を、ある程度把握できるまで、
1回の利用時間を24時間とします。
RNA-Seqの解析時間で最大でも24時間以内との推定によります。
使用記録簿には、使い始め時間、解析終了の時間を記載いただきます。
データを取り出すために使用した時間も、別途、記載してください。
【予約】
例えば、7/2, 12:00に利用を始める場合、
機器予約は、「7/2, 12:00から7/3, 12:00まで」とします。
速く終了した場合は、予約を出来るだけ早く修正してください。
予定時間に終了できない場合、
次の利用者の予約がなければ、適宜、延長可能してください。
次の予約に重なる場合は、予約者へ連絡して調整してください。 - 用途・使用目的
- RNA-Seq、DNA-Seq解析。シークエンサーデータ（ FASTQ, BAMなど）から、アラインメントや各種数値解析（fc、p値、TPM、DEG、GO）を行う。
- キャンパス
- 星陵キャンパス
- 部局
- 加齢医学研究所
- 管理部署
- 加齢研_共通機器
- 設備担当者
- 利用相談はこちらより必要事項をご記入の上、お問い合わせください。
- 予約サイトのURL
- https://share.cfc.tohoku.ac.jp/share/equipment/detail/1/681
- 学外利用料金
※更新の都合で実際の料金とは異なる場合がございます。 - 本人利用： 578円 / 時間
- 学内利用料金
- 上記予約サイトのURLより設備統合管理システムにログインの上、ご確認ください。
- 備考
- ー
